A fim de se estabelecerem relações filogenéticas entre os seres vivos, é necessário proceder à análise de proteínas e à comparações entre os seus DNA.
Análise de proteínas - podem-se estabelecer diferentes quer no número, quer tipo e disposição dos aminoácidos. Assim, quanto mais semelhantes forem as proteínas das duas espécie, mais aparentadas elas são, isto é, menor é a distância filogenéticas entre as espécies.
Comparação entre as moléculas de DNA – recorrendo à técnica de hibridação do DNA, pode-se inferir acerca da proximidade filogenética: assim, quanto maior for o grau de hibridação de DNA em diferentes espécies, maior é o grau de parentesco.
Reflexão: As semelhanças existentes e compatibilidade entre as bases azotadas indiciam uma maior ou menor proximidade entre certos organismos, o que apoia a evolução e reforça a ideia de origem comum.
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